1. Ikan mas raksasa
Misteri yang pertama yaitu banyak yang percaya jika di dalam Danau Toba terdapat tiga ikan emas raksasa yang diyakini sebagai penunggu Danau Toba.
Keberadaan ikan-ikan tersebut diyakini abadi dan telah diceritakan turun temurun.
Ketiga ikan ini konon memiliki warna khas Batak yaitu hitam.
Pencari ikan sempat melihat penampakan ikan mas raksasa dan tak jarang kemunculannya menyebabkan jaring ikan para nelayan menjadi rusak.
Masyarakat sekitar percaya bahwa ketiga ikan tersebut merupakan jelmaan penunggu Danau Toba yang sudah ada sejak ratusan tahun silam.
2. Naga misteri
Yang kedua tak kalah populer yaitu adalah naga di dalam danau ini.
Hewan mitologi berbentuk ular berukuran besar dan memiliki kaki diyakini bersemayam di dasar Danau Toba
Sosoknya dipercayai sebagai sosok anak pak Toba yang kini mendiami danau tersebut.