Pesantren Hidayatullah Bitung didirikan sejak tahun 1995 di kelurahan Waruger Barat, Kec. Bitung Barat, Kota Bitung, Sulawesi Utara.
Dalam pengajarannya, pesantren ini menganut sistem pondok pesantren ashriyah.
Terdiri dari tiga tingkatan yaitu RA, MI, dan MTs, pesantren ini memiliki santri lebih dari 200 santri. Sebagai salah satu cabang dari pondok pesantren Hidayatullah yang ada di kota Balikpapan, kurikulum yang digunakan mengadaptasi dari pondok pesantren tersebut.
3. Pondok Pesantren Al Khairat Bolaang Mongondow Utara
Pesantren ini berlokasi di Kab. Mongondow Utara. Berdiri sejak tahun 1963, pesantren ini menjadi salah satu pesanten tertua di provinsi Sulawesi Utara.
Sebagai pesantren tertua, pesantren Al Khairat memiliki 6 jenjang pendidikan formal yaitu PAUD, TK Al Quran, MDA, SD, MTs, serta MA.
4. Pondok Pesantren Kombos
Pesantren yang satu ini didirikan pada tahun 1977 di Jl. Arie Lasut, Kombos Timur, Kec. Singkil, Manado, Sulawesi Utara.
Pesantren ini memiliki nama asli Pondok Karya Pembangunan, namun lebih sering dikenal dengan sebutan pesantren kombos.